വിശുദ്ധ ജോണ് പോള് രണ്ടാമന് മാര്പ്പാപ്പയുടെ കൈവയ്പു ശുശ്രൂഷ വഴി റോമിലെ സെന്റ് പീറ്റേഴ്സ് ബസലിക്കയില്വച്ച് 1999 ജനുവരി 6-ാം തീയതി കോട്ടയം രൂപതയുടെ സഹായമെത്രാനായി അഭിഷിക്തനാവുകയും 2006 ജനുവരി 14-ാം തീയതി കോട്ടയം അതിരൂപതാദ്ധ്യക്ഷനായി സ്ഥാനമേല്ക്കുകയും ചെയ്ത മാര് മാത്യു മൂലക്കാട്ടു മെത്രാപ്പോലീത്തായുടെ മെത്രാഭിഷേകത്തിന്റെ രജതജൂബിലിയാഘോഷങ്ങളുടെ ഭാഗമായി കോട്ടയം ക്രിസ്തുരാജ ക്നാനായ കത്തോലിക്കാ മെത്രാപ്പോലീത്തന് കത്തീഡ്രലില് കൃതജ്ഞതാബലിയര്പ്പിച്ചു. ബിഷപ്സ് ഹൗസ് അങ്കണത്തില് നിന്നും ക്രിസ്തുരാജാ മെത്രാപ്പോലീത്തന് കത്തീഡ്രലിലേക്കു നടത്തപ്പെട്ട പ്രദക്ഷിണത്തോടെയാണ് ആഘോഷങ്ങള്ക്കു തുടക്കമായത്. ജൂബിലി ആഘോഷിക്കുന്ന മാര് മാത്യു മൂലക്കാട്ടിന് പരിശുദ്ധ ഫ്രാന്സിസ് മാര്പാപ്പ നല്കിയ ലത്തീന് ഭാഷയിലുള്ള സന്ദേശവും അതിന്റെ മലയാള പരിഭാഷയും അതിരൂപത ചാന്സിലര് ഡോ. ജോണ് ചെന്നാകുഴി വായിച്ചു. തുടര്ന്ന് മാര് മാത്യു മൂലക്കാട്ട് മെത്രാപ്പോലീത്ത ജൂബിലി തിരി തെളിക്കുകയും കൃതജ്ഞതാബലിയില് മുഖ്യകാര്മ്മികത്വം വഹിക്കുകയും ചെയ്തു.
മെത്രാപ്പോലീത്താമാരും മെത്രാന്മാരും സന്യാസ സഭാ സുപ്പീരിയര്മാരും വികാരി ജനറാള്മാരും വൈദികരും സഹകാര്മ്മികരായി പങ്കെടുത്തു. സീറോ മലബാര് സഭയുടെ മേജര് ആര്ച്ചുബിഷപ്പ് എമിരിത്തൂസ് കര്ദ്ദിനാള് മാര് ജോര്ജ് ആലഞ്ചേരി വിശുദ്ധ കുര്ബാനയില് വചനസന്ദേശം നല്കി. ദൈവസ്നേഹത്താല് നിറഞ്ഞ് സമചിത്തതയോടെയും സമഭാവനയോടെയും സുവിശേഷദീപ്തി പകര്ത്തുവാന് നിതാന്തജാഗ്രത പുലര്ത്തുന്ന ഇടയശ്രേഷ്ഠനാണ് മാര് മാത്യു മൂലക്കാട്ടെന്ന് അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. വിശുദ്ധ കുര്ബാനയെതുടര്ന്ന് വിജയപുരം രൂപതാ മെത്രാന് ഡോ. സെബാസ്റ്റ്യന് തെക്കത്തേച്ചേരില്, ക്നാനായ കത്തോലിക്കാ കോണ്ഗ്രസ്സ് പ്രസിഡന്റ് ബാബു പറമ്പടത്തുമലയില് എന്നിവര് ആശംസകളര്പ്പിച്ചു. മെത്രാഭിഷേക ജൂബിലിയോടനുബന്ധിച്ച് കോട്ടയം അതിരൂപത നടപ്പിലാക്കുന്ന വിവിധ ഉപവി-സാമൂഹ്യ പ്രതിബദ്ധതാ പ്രവര്ത്തനങ്ങളുടെ ഉദ്ഘാടനം ഭാരത കത്തോലിക്ക മെത്രാന്സമിതി പ്രസിഡന്റ് മാര് ആന്ഡ്രൂസ് താഴത്ത് നിര്വ്വഹിച്ചു. അതിരൂപതാ സഹായ മെത്രാന് മാര് ജോസഫ് പണ്ടാരശ്ശേരില് സ്വാഗതവും ഗീവര്ഗീസ് മാര് അപ്രേം കൃതജ്ഞതയും അര്പ്പിച്ചു. അതിരൂപതയുടെ വിവിധ ഇടവകകളില് നിന്നും സ്ഥാപനങ്ങളില് നിന്നും സമര്പ്പിത സമൂഹങ്ങളില് നിന്നും പൊതുസമൂഹത്തില് നിന്നും പ്രാതിനിധ്യസ്വഭാവത്തോടെ അംഗങ്ങള് പങ്കെടുത്തു.